Nadbiskup Juraj Haulik (1837.  1869.) osnovao je 1854. godine „Nadbiskupski licej“ s planom i programom obrazovanja za 7. i 8. razred zagrebačke gimnazije. U vrijeme promjena školstva u Hrvatskoj 1849. godine i ukidanja Zagrebačke akademije biskupsko sjemenište zadržalo je ime Nadbiskupijski licej.
Licej se 1920. godine proširio i na višu gimnaziju koja je pravo javnosti pred državnim vlastima dobila 25. listopada 1920. godine na dan koji možemo smatrati danom osnutka naše Gimnazije. Od tada škola djeluje kao „Nadbiskupska velika gimnazija s pravom javnosti u Zagrebu“. Maturanti su polagali ispit zrelosti ili maturu u „svojoj“ Gimnaziji. Bili su izjednačeni s ostalim državnim gimnazijama. Nadbiskup Bauer je 1920. godine otvorio Dječačko sjemenište i Nadbiskupsku klasičnu gimnaziju s pravom javnosti u zgradi Bogoslovnog sjemeništa na Kaptolu 29, ali kao privremeno rješenje, jer adekvatnog prostora ipak na Kaptolu nije bilo dovoljno.
Od školske godine 1928./1929. Gimnazija djeluje na Voćarskoj cesti 106 te mijenja svoje dosadašnje ime. Rješenjem Ministarstva prosvjete: SN br. 10.466 od 8. svibnja 1931. godine Gimnazija nosi ime „Nadbiskupska klasična gimnazija s pravom javnosti u Zagrebu“. Prema Izvještaju za školsku godinu 1930./1931. Nadbiskupske klasične gimnazije s pravom javnosti u Zagrebu program je jasan, identičan je programu zagrebačke gimnazije.
Rješenjem Ministarstva prosvjete, br. 136.241 – IV 1948., od 28. lipnja 1948. godine odlučeno je da se krajem školske godine 1947./1948. opoziva dozvola za rad Nadbiskupskoj klasičnoj gimnaziji u Zagrebu kao privatnoj gimnaziji s pravom javnosti. Tako je Nadbiskupska klasična gimnazija u Zagrebu ostala bez prava javnosti, ali nije prestala djelovati.
Na rješenje Ministarstva prosvjete o oduzimanju prava javnosti Nadbiskupskoj klasičnoj gimnaziji odgovorio je Ordinarijat Zagrebačke nadbiskupije, nadbiskup zagrebački, biskupi srijemsko-đakovački i senjsko-modruški, odlukom broj 5041/48 od 8. rujna 1948. godine, da otvaraju Interdijecezansku srednju vjersku školu u Zagrebu. Odluku je Ordinarijat poslao rektoru Sjemeništa i o tome obavijestio Predsjedništvo Vlade FNRJ 9. rujna 1948. godine.
Pravo javnosti školi je ukinuto 1948. godine, ali ona unatoč tome nastavlja s odgojno-obrazovnim radom. Biskupi Zagrebačke metropolije osnivaju 8. rujna 1948. Vjersku srednju interdijecezansku školu koja djeluje do 1991. godine. Kardinal Kuharić daje suglasnost 31. kolovoza 1990. da škola opet uzme naslov Nadbiskupska klasična gimnazija s prvom javnosti, što je u punom smislu postala rješenjem nadležnog ministarstva 15. travnja 1991.